Constituem Unidades Orçamentárias da Secretaria da Saúde:
Administração Superior da Secretaria e da Sede;
Coordenadoria de Serviços de Saúde;
Coordenadoria de Regiões de Saúde;
Coordenadoria de Controle de Doenças;
Coordenadoria de Ciência, Tecnologia e Insumos Estratégicos de Saúde;
Entidades Supervisionadas:
Fundação para o Remédio Popular;
Fundação Oncocentro de São Paulo;
Fundação Pró-Sangue - Hemocentro de São Paulo;
Superintendência de Controle de Endemias - SUCEN;
Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo;
Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo;
Instituto de Assistência Médica ao Servidor Público Estadual - IAMSPE.
Constituem Unidades de Despesa da Unidade Orçamentária Administração Superior da Secretaria e da Sede:
Gabinete do Secretário e Assessorias;
Coordenadoria Geral de Administração - CGA;
Coordenadoria de Recursos Humanos - CRH;
Departamento de Perícias Médicas do Estado - DPME;
Coordenadoria de Planejamento de Saúde;
Fomento de Educação Sanitária e Imunização em Massa contra Doenças Transmissíveis -FESIMA.
Constituem Unidades de Despesa da Unidade Orçamentária Coordenadoria de Serviços de Saúde:
Hospital Geral "Dr. Manoel Bifulco" de São Mateus;
Hospital Geral de Taipas;
Hospital Geral "Doutor Álvaro Simões de Souza", de Vila Nova Cachoeirinha;
Hospital Geral "Doutor José Pangella", de Vila Penteado;
Hospital Infantil "Cândido Fontoura";
Hospital Maternidade Interlagos;
Hospital Psiquiátrico Pinel;
Complexo Hospitalar "Padre Bento", de Guarulhos;
Hospital "Dr. Arnaldo Pezzuti Cavalcanti", em Mogi das Cruzes;
Hospital Regional "Osiris Florindo Coelho", de Ferraz de Vasconcelos;
Departamento Psiquiátrico II, em Franco da Rocha;
Hospital Regional "Doutor Vivaldo Martins Simões", de Osasco;
Unidade de Gestão Assistencial I - Hospital Heliópolis;
Unidade de Gestão Assistencial II - Hospital Ipiranga;
Unidade de Gestão Assistencial III - Hospital Infantil Darcy Vargas;
Unidade de Gestão Assistencial IV - Hospital e Maternidade Leonor Mendes de Barros;
Unidade de Gestão Assistencial V - Hospital Brigadeiro;
Hospital Geral "Jesus Teixeira Costa", de Guaianases;
Centro de Atenção Integrada em Saúde Mental "Doutor David Capistrano da Costa Filho", da Água Funda;
Centro de Referência da Saúde da Mulher;
Conjunto Hospitalar do Mandaqui;
Instituto "Dante Pazzanese" de Cardiologia;
Instituto de Infectologia "Emílio Ribas";
Centro de Referência do Idoso;
Centro de Referência de Álcool, Tabaco e Outras Drogas;
Hospital das Clínicas "Luzia de Pinho Melo";
Hospital "Nestor Goulart Reis", em Américo Brasiliense;
Hospital Psiquiátrico "Professor Cantídio de Moura Campos";
Centro de Atenção Integral à Saúde "Clemente Ferreira", em Lins;
Centro de Atenção Integral à Saúde de Santa Rita - CAIS-SR;
Hospital Santa Tereza de Ribeirão Preto;
Hospital Regional de Assis;
Hospital Regional do Vale do Ribeira, em Pariquera-Açu;
Hospital "Doutor Francisco Ribeiro Arantes", em Itu;
Hospital Estadual "Doutor Odilon Antunes de Siqueira", de Presidente Prudente;
Hospital Estadual "Doutor Oswaldo Brandi Faria", em Mirandópolis;
Hospital Geral de Promissão;
Hospital "Guilherme Álvaro", em Santos;
Hospital Manoel de Abreu, em Bauru;
Centro de Reabilitação de Casa Branca;
Centro de Desenvolvimento do Portador de Deficiência Mental - CEDEME;
Conjunto Hospitalar de Sorocaba;
Centro Pioneiro em Atenção Psicossocial "Arquiteto Januário José Ezemplari";
Grupo de Serviços Ambulatoriais Especializados do Sistema Único de Saúde - SUS/SP.
Constituem Unidades de Despesa da Unidade Orçamentária Coordenadoria de Regiões de Saúde:
Direção Regional de Saúde - DIR II de Santo André;
Direção Regional de Saúde -DIR III de Mogi das Cruzes;
Direção Regional de Saúde - DIR IV de Franco da Rocha;
Direção Regional de Saúde - DIR V de Osasco;
Direção Regional de Saúde - DIR VI de Araçatuba;
Direção Regional de Saúde -DIR VII de Araraquara;
Direção Regional de Saúde -DIR VIII de Assis;
Direção Regional de Saúde - DIR IX de Barretos;
Direção Regional de Saúde - DIR X de Bauru;
Direção Regional de Saúde - DIR XI de Botucatu;
Direção Regional de Saúde -DIR XII "Dr. Leôncio de Souza Queiroz", de Campinas;
Direção Regional de Saúde - DIR XIII de Franca;
Direção Regional de Saúde -DIR XIV de Marília;
Direção Regional de Saúde - DIR XV de Piracicaba;
Direção Regional de Saúde -DIR XVI de Presidente Prudente;
Direção Regional de Saúde -DIR XVII de Registro;
Direção Regional de Saúde -DIR XVIII de Ribeirão Preto;
Direção Regional de Saúde -DIR XIX de Santos;
Direção Regional de Saúde - DIR XX de São João da Boa Vista;
Direção Regional de Saúde -DIR XXI de São José dos Campos;
Direção Regional de Saúde -DIR XXII de São José do Rio Preto;
Direção Regional de Saúde -DIR XXIII de Sorocaba;
Direção Regional de Saúde -DIR XXIV de Taubaté.
Constituem Unidades de Despesa da Unidade Orçamentária Coordenadoria de Controle de Doenças:
Instituto "Lauro de Souza Lima", em Bauru;
Instituto Clemente Ferreira;
Centro de Vigilância Sanitária;
Centro de Referência e Treinamento -DST/AIDS.
Constituem Unidades de Despesa da Unidade Orçamentária Coordenadoria de Ciência, Tecnologia e Insumos Estratégicos de Saúde:
Este decreto entra em vigor em 1º de janeiro de 2006, ficando revogado o Decreto nº 49.364, de 9 de fevereiro de 2005 .