Qualificam-se como exceções substanciais indiretas:
As alegações de litispendência, coisa julgada e perempção.
As alegações de decadência, prescrição e compromisso arbitral.
As alegações de falta de instrumento público essencial à prova do ato, de renúncia ao direito em que se funda a ação e a de ilegitimidade passiva.
As alegações de pagamento, novação e de contrato não cumprido.
As alegações de incompetência relativa, suspeição e impedimento.