No que tange às nomenclaturas que orientam a organização de um arquivo, pode-se afirmar corretamente que

depósito é o espaço de descarte dos documentos e obras não utilizadas.

acervo é a arte que estuda os documentos.

dossiê é a composição de documentos diversos referentes a um tema específico ou pessoa.

protocolo é um conjunto de documentos em curso ou uso frequente.