Segundo entendimento do STF, as cortes de contas gozam de autonomia, autogoverno e iniciativa reservada para a instauração de processo legislativo que pretenda alterar a sua organização e funcionamento, razão por que é inconstitucional lei estadual de iniciativa parlamentar que altere ou revogue dispositivos da lei orgânica do tribunal de contas do estado, que estabelece preceitos concernentes à forma de atuação, competências e organização do órgão.