Nos termos do Decreto Federal n° 8.088/13, compõe a Secretaria Nacional dos Portos da Presidência da Republica, como entidade autárquica vinculada, a

Agência Nacional de Águas - ANA.

Companhia Docas do Ceará - CDC.

Agência Nacional de Energia Elétrica - ANEEL.

Companhia Docas do Espírito Santo - CODESA.

Agência Nacional de Transportes Aquaviários - ANTAQ.