De acordo com o que estabelece o Regimento Interno da EBSERH - 3ª revisão, o Conselho Fiscal, como órgão permanente da EBSERH, é composto

por seis membros efetivos e respectivos suplentes, nomeados pelo Ministro de Estado da Educação, sendo: dois membros indicados pelo Ministro de Estado da Educação, dos quais um exercerá a presidência e o outro a vice-presidência; dois membros indicados pelo Ministro de Estado da Saúde; e dois membros indicados pelo Ministro de Estado da Fazenda, como representantes do Tesouro Nacional.

por três membros efetivos e respectivos suplentes, nomeados pelo Ministro de Estado da Educação, sendo: um membro indicado pelo Ministro de Estado da Educação, que exercerá a presidência; um membro indicado pelo Ministro de Estado da Saúde; e um membro indicado pelo Ministro de Estado da Fazenda, como representante do Tesouro Nacional.

por seis membros efetivos e respectivos suplentes, nomeados pelo Ministro de Estado da Educação, sendo: um membro indicado pelo Ministro de Estado da Educação, que exercerá a presidência; três membros indicados pelo Ministro de Estado da Saúde; e dois membros indicados pelo Ministro de Estado da Fazenda, como representantes do Tesouro Nacional.

por três membros efetivos e respectivos suplentes, nomeados pelo Ministro de Estado da Saúde, sendo: um membro indicado pelo Ministro de Estado da Educação, que exercerá a presidência e dois membros indicados pelo Ministro de Estado da Fazenda, como representante do Tesouro Nacional.

por seis membros efetivos e respectivos suplentes, nomeados pelo Ministro de Estado da Saúde, sendo: dois membros indicados pelo Ministro de Estado da Educação; três membros indicados pelo Ministro de Estado da Saúde; e um membro indicado pelo Ministro de Estado da Fazenda, como representante do Tesouro Nacional e que exercerá a presidência.