De acordo com o estabelecido na Lei 12.550/2011, compete à EBSERH

prestar serviços de apoio à geração do conhecimento em pesquisas avançadas, clínicas e aplicadas, somente nos hospitais universitários federais.

prestar serviços de apoio à geração do conhecimento em pesquisas básicas, clínicas e aplicadas, somente nos hospitais universitários estaduais.

prestar serviços de apoio ao processo de gestão dos hospitais universitários e estaduais, com implementação de sistema de gestão múltiplo com geração de indicadores quantitativos e qualitativos para o estabelecimento de metas.

prestar serviços de apoio ao processo de gestão orçamentária dos hospitais universitários federais e particulares conveniados, com implementação de sistema de gestão único para o cumprimento de metas pré-estabelecidas.

administrar unidades hospitalares, bem como prestar serviços de assistência médico-hospitalar, ambulatorial e de apoio diagnóstico e terapêutico à comunidade, no âmbito do SUS.