As diretrizes que expressamente instruem a Política Nacional de Pagamentos por Serviços Ambientais (PNPSA) incluem

a adequação dos parques industriais e imóveis comerciais à legislação ambiental e a publicidade, transparência e controle fiscal nas relações entre o pagador e o provedor dos serviços ambientais prestados.

a complementaridade e a coordenação entre programas e projetos de pagamentos por serviços ambientais implantados pelos entes federativos, pela iniciativa privada e por outras organizações não governamentais que atuem como organizadores, financiadores e gestores de projetos de pagamento por serviços ambientais, paralelamente ao setor público, como indutores de ações econômico-solidárias.

o atendimento aos princípios do provedor-recebedor e do poluidor-pagador e a tributação da manutenção, da recuperação e da melhoria dos serviços ecossistêmicos que contribuam para a qualidade de vida da população.

a complementaridade do pagamento por serviços ambientais em relação aos instrumentos de comando e controle pertinentes à conservação do meio ambiente, bem como a coordenação das políticas de meio ambiente, especialmente nos planos de privatização dos recursos hídricos e edáficos.

o aprimoramento dos métodos de monitoramento, de verificação, de avaliação e de certificação dos serviços ambientais prestados e o resguardo da proporcionalidade no pagamento por serviços ambientais prestados.