Quanto à aplicação e suas especificidades da lei penal militar, podemos afirmar corretamente que:

As medidas de segurança regem-se pela lei vigente ao tempo do crime, prevalecendo, entretanto, se diversa, a lei vigente ao tempo da execução.

Para os efeitos da lei penal militar consideram-se como extensão do território nacional as aeronaves e os navios brasileiros, onde quer que se encontrem, sob comando militar ou militarmente utilizados ou ocupados por ordem legal de autoridade competente, exceto os de propriedade privada.

O defeito do ato de incorporação não exclui a aplicação da lei penal militar, mesmo se alegado ou conhecido antes da prática do crime.

Considera-se assemelhado o servidor, efetivo ou não, dos Ministérios da Marinha, do Exército ou da Aeronáutica, submetido a preceito de disciplina militar, em virtude de lei ou regulamento.

Para os efeitos da lei penal militar, são considerados “nacionais” os estrangeiros naturalizados, os apátridas e os brasileiros que perderam a nacionalidade.