A Hidrovia Tocantins-Araguaia tem como um dos seus objetivos:

restaurar ambientalmente a dinâmica hidrológica da bacia Tocantins-Araguaia, com obras de contenção de erosões e recuperação das matas de galeria.

ampliar a produção agropecuária no entorno de 10 km ao longo de toda a hidrovia, com base em técnicas sustentáveis.

consolidar um eixo de transporte hidrorodo-ferroviário que ligue as regiões de Mato Grosso aos portos do Maranhão e Pará, através do Tocantins.

favorecer mudanças no modo de vida e perda do bem-estar das populações indígenas e ribeirinhas.