Entre as finalidades do sistema de controle interno do Poder Executivo Federal, consta:

avaliar o cumprimento das metas previstas no Plano Plurianual da União, dos Estados e Municípios.

comprovar a legalidade e avaliar os resultados, quanto à eficácia, eficiência e efetividade da gestão orçamentária.

apoiar e realizar em conjunto com o controle externo as auditorias e fiscalizações.

exercer o controle das operações de crédito, avais e garantias, bem como dos direitos e haveres da União, dos Estados e Municípios.

a comprovação da legalidade na aplicação dos recursos públicos, que engloba os repassados às entidades de direito privado.